Discordo completamente da sua visão neste post. O mercado consumidor Open Source tem crescido continuamente nos ultimos anos e se tornado um grande desafio para as empresas de software se enquadrarem dentro desse modelo de negócios. A existencia de especialistas nessa área é uma demanada crescente e não vejo ela como secundária. Atuar num mercado open source envolve desde redimensionar o seu modelo de negocios para produzir software que de certa forma agregam valor a comunidade a qual pertencem. Além disso existem necessidades especificas com relação ao licenciamento de software, as restrições, os modelos hibridos de dual license.

Outro ponto é a marcha das grandes empresas em investir no desenvolvimento comunitario e colaborativo. Acredito que um mestrado nessa area é sim muito promissor pois formará pessoas que possam discutir com mais propriedade os rumos do desenvolvimento de software dentro desse novo contexto.

Basta olhar pra sugestao de ementa do curso a seguir:

Introduction to Open Source Software
Basic Open Source Operating System (1)
Dissemination of Open Source Software
Introduction to Software Development in Open Source Software environments
Computer Networks in Open Source Software environments
Data Bases in Open Source Software environments
Development of Web Applications
Computer Networks Security
Business Models and Economic Issues of Open Source Software
Software Engineering in Open Source Software environments

ver que o foco não é aprender comandos ou uso de ferramentas OSS, mas em rever os conceitos atuais nos paradigmas do modelo OSS. 

Dentro desse objetivo o curso é de alta relevancia para o contexto do software no mundo atual.